内毒素强烈影响DNA转染到原代细胞和敏感的培养细胞中，并且增加的内毒素水平导致转染效率急剧降低。此外，使用不含内毒素的质粒DNA用于基因治疗是极其重要的，因为内毒素可引起动物和人发烧、内毒素性休克综合征和补体级联的活化。内毒素还通过激活非特异性免疫应答，干扰体外转染到巨噬细胞、B细胞等免疫细胞中。这些反应包括免疫介质如IL-1和前列腺素的诱导合成。确保塑料制品、培养基、血清和质粒DNA没有LPS污染，避免误导实验结果。

内毒素测定方法

    经典的内毒素测定基于内毒素与鲎变形细胞中的可凝结蛋白之间的凝血反应。现在可使用更灵敏的光度测定（例如，来自BioWhittaker,Inc的Kinetic-QCL Test），其基于鲎变形细胞溶胞产物（LAL）和合成的产生颜色的底物。LPS污染通常以内毒素单位（EU）表示。通，1ng LPS对应于1-10EU。

内毒素去除

   如今，内毒素的去除都会使用商业化的试剂盒。一般利用多粘菌素B（polymixin B ）连接到琼脂糖微球上，进行特异性去除内毒素。多粘菌素B可通过静电作用、离子作用、亲水作用和分子之间的相互作用等多种因素吸附内毒素，从而达到内毒素去除的目的。

   在内毒素去除过程中，我们要切记使用不含内毒素的塑料制品和玻璃器皿。为了避免在初始内毒素去除后对质粒DNA的再污染，建议仅使用经认证无热原或无内毒素的新塑料制品。无内毒素或无热原的塑料制品可以从许多不同的供应商处获得。内毒素强烈粘附于玻璃器皿，并且在洗涤期间难以*除去。标准实验室高压灭菌方法对内毒素水平几乎没有或没有影响。此外，如果高压锅先前已用于细菌，则玻璃器皿将被内毒素分子广泛污染。180°C加热玻璃器皿可破坏任何附加的内毒素分子。重要的是不要通过使用含内毒素的试剂纯化无内毒素DNA，所有缓冲液都需要无内毒素。